1964 में शीत युद्ध के चरम के दौरान घटित METAL GEAR SOLID 3: Snake Eater - Master Collection Version की कहानी महान FOX ऑपरेटिव Naked Snake का अनुसरण करती है, जिसे सोवियत जंगलों की गहराइयों में एक प्रतिभाशाली वैज्ञानिक को बचाने और परमाणु आपदा को रोकने के लिए एक गुप्त मिशन पर भेजा जाता है। जैसे-जैसे राजनीतिक तनाव बढ़ता है, Snake को कठिन प्राकृतिक वातावरण में जीवित रहना, दुश्मन की विशिष्ट सेनाओं से बचना और अपनी पूर्व गुरु The Boss का सामना करना पड़ता है, जिनका चौंकाने वाला पक्ष परिवर्तन विश्व शक्ति संतुलन को खतरे में डाल देता है। अपनी यात्रा के दौरान वह विश्वासघात, गुप्त हथियारों और छिपी हुई साज़िशों का पर्दाफाश करता है, जो दुनिया के भविष्य को आकार देंगी। हर लड़ाई उसकी क्षमता, सहनशक्ति और निष्ठा की परीक्षा लेती है और उसे उस योद्धा में बदल देती है जिसे इतिहास Big Boss के नाम से जानेगा। भावनात्मक कहानी, उत्कृष्ट स्टेल्थ गेमप्ले और यादगार बॉस लड़ाइयों के साथ यह खेल Metal Gear श्रृंखला की सबसे प्रतिष्ठित मूल कहानियों में से एक प्रस्तुत करता है।