Se déroulant au sommet de la Guerre froide en 1964, METAL GEAR SOLID 3: Snake Eater - Master Collection Version suit le légendaire agent de FOX, Naked Snake, lors d'une mission secrète au cœur de la jungle soviétique afin de sauver un brillant scientifique et d'empêcher une catastrophe nucléaire. Alors que les tensions politiques s'intensifient, Snake doit survivre dans un environnement hostile, échapper aux forces d'élite ennemies et affronter son ancienne mentor, The Boss, dont la défection bouleverse l'équilibre mondial. Au fil de sa mission, il découvre un réseau de trahisons, d'armes secrètes et de complots qui façonneront l'avenir du monde. Chaque affrontement met à l'épreuve son talent, son endurance et sa loyauté, forgeant le guerrier qui deviendra Big Boss. Grâce à son récit émouvant, son gameplay d'infiltration et ses combats de boss mémorables, le jeu offre l'une des histoires d'origine les plus marquantes de la saga Metal Gear.