تدور أحداث METAL GEAR SOLID 3: Snake Eater - Master Collection Version خلال ذروة الحرب الباردة عام 1964، حيث يتبع العميل الأسطوري في وحدة FOX، Naked Snake، في مهمة سرية داخل أدغال الاتحاد السوفيتي لإنقاذ عالم عبقري ومنع كارثة نووية. ومع تصاعد التوترات السياسية، يجب على Snake النجاة في بيئة قاسية، والتسلل بين قوات النخبة المعادية، ومواجهة معلمته السابقة The Boss التي يهدد انشقاقها المفاجئ توازن القوى العالمي. وخلال رحلته، يكتشف شبكة من الخيانة والأسلحة السرية والأجندات الخفية التي ستشكل مستقبل العالم. يختبر كل قتال مهاراته وقدرته على التحمل وولاءه، ليصبح المحارب الذي سيعرفه التاريخ باسم Big Boss. وبفضل قصته المؤثرة وأسلوب التسلل المميز ومعاركه الأسطورية ضد الزعماء، يقدم اللعبة واحدة من أعظم قصص النشأة في سلسلة Metal Gear.