METAL GEAR SOLID 3: Snake Eater - Master Collection Versionは、1964年の冷戦最盛期を舞台に、伝説のFOX隊員 Naked Snake が、天才科学者を救出し核の危機を阻止するため、ソ連の密林で極秘任務に挑む物語です。世界情勢が緊迫する中、Snake は過酷な自然環境を生き抜き、敵の精鋭部隊をかわし、突然の離反によって世界の均衡を揺るがしたかつての師 The Boss と対峙します。その旅の中で、彼は裏切りや極秘兵器、そして世界の未来を左右する陰謀の数々を知ることになります。数々の戦いは彼の技術、忍耐力、そして忠誠心を試し、やがて歴史に Big Boss として名を刻む存在へと成長していきます。重厚なストーリー、完成度の高いステルスアクション、そして印象的なボス戦によって、本作はMetal Gearシリーズ屈指のオリジンストーリーを描いています。