Действие METAL GEAR SOLID 3: Snake Eater - Master Collection Version разворачивается в разгар Холодной войны в 1964 году и рассказывает о легендарном оперативнике FOX Naked Snake, который отправляется с секретной миссией в советские джунгли, чтобы спасти выдающегося учёного и предотвратить ядерную катастрофу. По мере роста политической напряжённости Snake должен выжить в суровой дикой природе, избежать элитных вражеских подразделений и столкнуться со своей бывшей наставницей The Boss, чьё неожиданное предательство угрожает мировому балансу сил. Во время своего пути он раскрывает сеть предательств, секретного оружия и скрытых заговоров, которые изменят будущее мира. Каждое сражение испытывает его мастерство, выносливость и преданность, превращая его в легендарного Big Boss. Благодаря глубокому сюжету, выдающемуся стелс-геймплею и незабываемым битвам с боссами игра представляет одну из самых знаковых историй происхождения во вселенной Metal Gear.