METAL GEAR SOLID Δ: SNAKE EATER खिलाड़ियों को महान सैनिक Naked Snake की शुरुआत की कहानी में ले जाता है, जहाँ वह शीत युद्ध के चरम पर सोवियत जंगलों में एक गुप्त मिशन पर भेजा जाता है। उसका उद्देश्य एक प्रतिभाशाली वैज्ञानिक को बचाना और वैश्विक परमाणु संकट को रोकना है, जबकि उसे कठिन प्राकृतिक वातावरण में जीवित रहना, दुश्मन की विशिष्ट सेनाओं को मात देना और निष्ठा, विश्वासघात तथा बलिदान की कठोर सच्चाइयों का सामना करना पड़ता है। मिशन आगे बढ़ने पर उसका सामना उसकी महान गुरु The Boss से होता है, जिनके रहस्यमय निर्णय उसकी हर मान्यता को चुनौती देते हैं। हर संघर्ष उसे उस महान योद्धा Big Boss बनने के और करीब ले जाता है, साथ ही उन गुप्त राजनीतिक षड्यंत्रों का खुलासा करता है जो Metal Gear श्रृंखला के भविष्य को आकार देंगे। भावनात्मक कहानी, रोमांचक स्टेल्थ गेमप्ले और यादगार पात्रों के साथ, यह खेल श्रृंखला की सबसे प्रतिष्ठित मूल कहानियों में से एक प्रस्तुत करता है।