События I.G.I.-2: Covert Strike разворачиваются вскоре после первой игры и рассказывают о приключениях элитного оперативника David Jones, выполняющего серию секретных заданий для Institute for Geotactical Intelligence. Его задача — вернуть похищенную технологию ЭМИ до того, как она попадёт в руки террористов и мятежных военных группировок. В ходе миссии David Jones путешествует по разным странам, проникая на хорошо охраняемые базы, промышленные комплексы и секретные объекты. Постепенно он раскрывает масштабный заговор, связанный с международными торговцами оружием, двойными агентами и меняющимися политическими союзами. Используя скрытность, точность и тактическое мышление, он должен перехитрить всё более опасных противников и предотвратить глобальную катастрофу. Каждая миссия открывает новую часть заговора, превращая события в напряжённую гонку со временем, где одна ошибка может привести к разрушительным последствиям для мировой безопасности.

Project I.G.I.: I'm Going In рассказывает о рискованных миссиях David Llewellyn Jones, бывшего оперативника британского спецназа SAS, работающего на секретную военную организацию США. Получив задание от Пентагона вместе со своим удачным оператором Anya, Jones отправляется вглубь Восточной Европы, чтобы выследить украденную американскую ядерную боеголовку. Его миссия начинается с поисков похищенного торговца оружием, у которого имеются важнейшие разведданные о краже. По мере развития сюжета Jones раскрывает катастрофический заговор, организованный бывшим агентом КГБ по имени Ekk, которая намерена превратить Европу в радиоактивную пустошь. Сильно полагаясь на тактическую скрытность, шпионские гаджеты и перестрелки, Jones должен проникать на сильно укрепленные военные базы, взламывать защитные сети и перехитрить вражеские силы. История завершается отчаянной гонкой со временем, чтобы вернуть рабочие компоненты устройства и уничтожить главного злодея до того, как разразится глобальная катастрофа.