Ambientado poco después de los acontecimientos del primer juego, I.G.I.-2: Covert Strike sigue al agente de élite David Jones en una serie de operaciones encubiertas para el Institute for Geotactical Intelligence. Su misión consiste en recuperar una tecnología EMP robada antes de que caiga en manos de terroristas y facciones militares rebeldes. Durante la operación, David Jones viaja por varios países, infiltrándose en bases fuertemente protegidas, complejos industriales e instalaciones secretas. A medida que avanza la investigación, descubre una conspiración de gran alcance que involucra traficantes internacionales de armas, agentes dobles y alianzas políticas cambiantes. Confiando en el sigilo, la precisión y la planificación táctica, deberá superar a enemigos cada vez más peligrosos y evitar una catástrofe global. Cada misión revela una nueva pieza de la trama, conduciendo a una intensa carrera contra el tiempo en la que un solo error podría tener consecuencias devastadoras para la seguridad mundial.

Project I.G.I.: I'm Going In sigue las misiones de alto riesgo de David Llewellyn Jones, un exoperativo del SAS británico que trabaja para una organización militar secreta de EE. UU. Encargado por el Pentágono junto con su operadora remota Anya, Jones es desplegado en las profundidades de Europa del Oriental para rastrear una ojiva nuclear estadounidense robada. Su misión comienza cazando a un traficante de armas secuestrado que posee información de inteligencia crucial sobre el robo. A medida que la trama se desarrolla, Jones descubre un complot catastrófico orquestrado por una exoperativa de la KGB llamada Ekk, que pretende sumir a Europa en un páramo radioactivo. Dependiendo en gran medida de la sigilo táctico, los dispositivos de espionaje y los tiroteos, Jones debe infiltrarse en bases militares fuertemente fortificadas, hackear redes de seguridad y burlar a las fuerzas enemigas. La narrativa culmina en una carrera desesperada contrarreloj para recuperar los componentes operativos del dispositivo y eliminar a la mente maestra antes de que ocurra un desastre global.