Situado pouco depois dos acontecimentos do primeiro jogo, I.G.I.-2: Covert Strike acompanha o agente de elite David Jones em uma série de missões secretas para o Institute for Geotactical Intelligence. Sua tarefa é recuperar uma tecnologia EMP roubada antes que ela caia nas mãos de terroristas e facções militares rebeldes. Para isso, David Jones viaja por vários países, infiltrando-se em bases fortemente protegidas, complexos industriais e instalações secretas. À medida que a operação avança, ele descobre uma ampla conspiração envolvendo traficantes internacionais de armas, agentes duplos e alianças políticas instáveis. Dependendo de furtividade, precisão e planejamento tático, ele precisa superar inimigos cada vez mais perigosos enquanto tenta evitar uma catástrofe global. Cada missão revela uma nova peça do quebra-cabeça, culminando em uma corrida tensa contra o tempo, onde um único erro pode trazer consequências devastadoras para a segurança mundial.

Project I.G.I.: I'm Going In acompanha as missões de alto risco de David Llewellyn Jones, um ex-operativo do SAS britânico que trabalha para uma organização militar secreta dos EUA. Encarregado pelo Pentágono ao lado de sua operadora remota Anya, Jones é lançado nas profundezas da Europa Oriental para rastrear uma ogiva nuclear americana roubada. Sua missão começa caçando um traficante de armas sequestrado que possui inteligência crucial sobre o roubo. Conforme a trilha se desenrola, Jones descobre um plano catastrófico orquestrado por uma ex-operativa da KGB chamada Ekk, que pretende transformar a Europa em um deserto radioativo. Contando fortemente com furtividade tática, gadgets de espionagem e tiroteios, Jones deve se infiltrar em bases militares fortemente protegidas, hackear redes de segurança e superar as forças inimigas. A narrativa culmina em uma corrida desesperada contra o tempo para recuperar os componentes operacionais do dispositivo e eliminar a mente criminosa antes que um desastre global aconteça.