I.G.I.-2: Covert Strike は前作の出来事から間もない時期を舞台に、精鋭工作員 David Jones が Institute for Geotactical Intelligence のために数々の極秘任務へ挑む物語です。彼は、盗まれた EMP 技術がテロ組織や反乱軍勢力の手に渡る前に奪還する任務を与えられます。David Jones は複数の国を巡り、厳重に警備された基地や工業施設、秘密施設へ潜入していきます。任務が進むにつれ、国際的な武器商人や二重スパイ、変化する政治的同盟関係が絡む大規模な陰謀を発見します。ステルス行動、正確な判断、そして戦術的な計画を駆使しながら、彼はますます危険になる敵を出し抜き、世界規模の危機を阻止しなければなりません。各ミッションで陰謀の新たな真実が明らかとなり、わずかなミスが世界の安全を脅かしかねない緊迫した時間との戦いへと発展していきます。

『Project I.G.I.: I'm Going In』は、秘密の米軍組織のために働く元イギリスSASのエージェント、David Llewellyn Jonesのハイリスクな任務を描いています。ペンタゴンから遠隔ハンドラーのAnyaと共に指令を受けたJonesは、盗まれたアメリカの核弾頭を追跡するため、東欧の奥深くへと降下します。彼の任務は、盗難に関する重要な機密情報を持つ、誘拐された武器ディーラーを突き止めることから始まります。調査が進むにつれ、Jonesは元KGBのエージェントであるEkkによって企てられた、ヨーロッパを放射能の荒野に変えようとする破滅的な陰謀を暴き出します。戦術的なステルス、スパイガジェット、そして銃撃戦に大きく頼りながら、Jonesは厳重に要塞化された軍事基地に潜入し、セキュリティネットワークをハックし、敵の戦力を打ち破らなければなりません。物語は、世界的な惨劇が起きる前にデバイスの運用コンポーネントを回収し、黒幕を排除するための時間との絶望的なレースへとクライマックスを迎えます。