I.G.I.-2: Covert Strike की कहानी पहले गेम की घटनाओं के कुछ समय बाद शुरू होती है, जहाँ विशिष्ट एजेंट David Jones Institute for Geotactical Intelligence के लिए कई गुप्त अभियानों पर निकलता है। उसका मिशन एक चोरी हुई EMP तकनीक को आतंकवादी संगठनों और विद्रोही सैन्य गुटों के हाथों में जाने से पहले वापस हासिल करना है। इस दौरान David Jones कई देशों की यात्रा करता है और कड़ी सुरक्षा वाले सैन्य ठिकानों, औद्योगिक परिसरों और गुप्त सुविधाओं में घुसपैठ करता है। जैसे-जैसे अभियान आगे बढ़ता है, वह अंतरराष्ट्रीय हथियार तस्करों, दोहरे एजेंटों और बदलते राजनीतिक गठबंधनों से जुड़ी एक विशाल साजिश का पर्दाफाश करता है। चुपके, सटीकता और सामरिक योजना पर निर्भर रहते हुए, उसे बढ़ते खतरों का सामना करना पड़ता है और एक वैश्विक आपदा को रोकना होता है। हर मिशन साजिश की एक नई परत खोलता है, जिससे घटनाएँ समय के खिलाफ एक रोमांचक दौड़ में बदल जाती हैं, जहाँ एक छोटी सी गलती भी विश्व सुरक्षा के लिए विनाशकारी साबित हो सकती है।

Project I.G.I.: I'm Going In एक गुप्त अमेरिकी सैन्य संगठन के लिए काम करने वाले ब्रिटिश SAS के पूर्व ऑपरेटिव David Llewellyn Jones के खतरनाक अभियानों का अनुसरण करता है। पेंटागन द्वारा अपनी रिमोट हैंडलर Anya के साथ काम करने का जिفته गया, Jones को एक चुराए गए अमेरिकी परमाणु हथियार का पता लगाने के लिए पूर्वी यूरोप में गहराई से उतारा जाता है। उनका मिशन एक अपहरण किए गए हथियार डीलर की तलाश से शुरू होता है जिसके पास चोरी के संबंध में महत्वपूर्ण खुफिया जानकारी होती है। जैसे-जैसे यह सुराग खुलता है, Jones एक पूर्व KGB ऑपरेटिव Ekk द्वारा रची गई एक विनाशकारी साजिश का पर्दाफाश करता है, जो यूरोप को एक रेडियोधर्मी बंजर भूमि में बदलने का इरादा रखती है। सामरिक चुपके, जासूसी उपकरणों और बंदूक की गोलीबारी पर भारी भरोसा करते हुए, Jones को भारी गढ़वाले सैन्य अड्डों में घुसपैठ करनी होगी, सुरक्षा नेटवर्क को हैक करना होगा और दुश्मन ताकतों को मात देनी होगी। वैश्विक आपदा आने से पहले डिवाइस के परिचालन घटकों को पुनर्प्राप्त करने और मास्टरमाइंड को खत्म करने के लिए कहानी समय के खिलाफ एक निराशाजनक दौड़ में समाप्त होती है।