تدور أحداث I.G.I.-2: Covert Strike بعد فترة قصيرة من أحداث الجزء الأول، حيث يتابع العميل النخبوي David Jones سلسلة من المهام السرية لصالح معهد الاستخبارات الجيوتكتيكية. يُكلَّف باستعادة تقنية نبضة كهرومغناطيسية (EMP) مسروقة قبل أن تقع في أيدي جماعات إرهابية وفصائل عسكرية مارقة. ينتقل David Jones بين عدة دول، متسللًا إلى قواعد شديدة الحراسة ومجمعات صناعية ومنشآت سرية. ومع تقدم المهمة، يكتشف مؤامرة واسعة النطاق تضم تجار أسلحة دوليين وعملاء مزدوجين وتحالفات سياسية متغيرة. وبالاعتماد على التخفي والدقة والتخطيط التكتيكي، يجب عليه التفوق على أعداء يزدادون خطورة ومنع كارثة عالمية. تكشف كل مهمة جزءًا جديدًا من المؤامرة، لتتحول الأحداث إلى سباق متوتر مع الزمن حيث قد يؤدي خطأ واحد إلى عواقب مدمرة على الأمن العالمي.

تدور أحداث لعبة Project I.G.I.: I'm Going In حول المهام عالية المخاطر التي ينفذها David Llewellyn Jones، وهو عميل سابق في القوات الخاصة البريطانية يعمل لصالح منظمة عسكرية أمريكية سرية. وبإيعاز من البنتاغون جنباً إلى جنب مع مسؤولة الاتصالات Anya، يتم إرسال Jones بعيداً إلى أعماق أوروبا الشرقية لتعقب رأس نووي أمريكي مسروق. تبدأ مهمته بملاحقة تاجر أسلحة مختطف يمتلك معلومات استخباراتية حاسمة حول السرقة. ومع تكشف خيوط المؤامرة، يكشف Jones عن مخطط كارثي دبرته عميلة سابقة من الاستخبارات السوفيتية تُدعى Ekk، والتي تنوي تحويل أوروبا إلى مكب للنفايات المشعة. وبالاعتماد الكبير على التسلل التكتيكي، وأدوات التجسس، وإطلاق النار، يتوجب على Jones التسلل إلى قواعد عسكرية محصنة، واختراق شبكات الأمان، والتغلب على قوات العدو. وتتصاعد الحبكة لتصبح سباقاً يائساً مع الزمن لاستعادة المكونات التشغيلية للجهاز والقضاء على العقل المدبر قبل وقوع كارثة عالمية.