Assassin's Creed Iは、現代に生きるデズモンド・マイルズが「アニムス」という装置を使って祖先アルタイル・イブン・ラ・アハドの記憶を追体験する物語です。舞台は12世紀の第3回十字軍で、主人公アルタイルは優秀だが傲慢なアサシンであり、失敗した任務の償いを求めます。彼は聖地の平和を脅かす重要人物を暗殺する任務を与えられます。任務を進める中で、アサシンとテンプル騎士団に関わる大きな陰謀が明らかになります。物語は自由意志や支配、善と悪の境界といったテーマを描きます。ステルスやパルクール、正確な戦闘を通してアルタイルは名誉を取り戻します。同時にデズモンドも大きな戦いにおける自分の役割を理解し始めます。