Le jeu Assassin's Creed I raconte l’histoire de Desmond Miles, un homme moderne forcé de revivre les souvenirs de son ancêtre Altaïr Ibn-La'Ahad grâce à une machine appelée Animus. L’intrigue se déroule pendant la troisième croisade au XIIe siècle et suit Altaïr, un Assassin talentueux mais arrogant en quête de rédemption après une mission ratée. Il reçoit pour mission d’éliminer des figures clés menaçant la paix en Terre sainte. À chaque assassinat, il découvre une conspiration plus vaste impliquant les Assassins et leurs ennemis, les Templiers. L’histoire explore les thèmes du libre arbitre, du contrôle et de la frontière floue entre le bien et le mal. Grâce à l’infiltration, au parkour et au combat précis, Altaïr retrouve son honneur et progresse dans la hiérarchie. Parallèlement, Desmond commence à comprendre son rôle dans un conflit bien plus large. Le récit mêle intrigue historique et science-fiction.