Assassin's Creed I की कहानी डेसमंड माइल्स नाम के एक आधुनिक व्यक्ति के बारे में है, जिसे Animus नामक मशीन के जरिए अपने पूर्वज अल्ताईर इब्न-ला-अहद की यादों को जीने के लिए मजबूर किया जाता है। कहानी 12वीं सदी के तीसरे धर्मयुद्ध के दौरान घटित होती है और अल्ताईर का अनुसरण करती है, जो एक कुशल लेकिन घमंडी असैसिन है और अपनी गलती का प्रायश्चित करना चाहता है। उसे पवित्र भूमि में शांति के लिए खतरा बने महत्वपूर्ण लोगों की हत्या का कार्य सौंपा जाता है। हर मिशन के साथ वह एक बड़ी साजिश का पता लगाता है जिसमें असैसिन और उनके दुश्मन टेम्पलर शामिल होते हैं। कहानी स्वतंत्र इच्छा, नियंत्रण और अच्छाई-बुराई के बीच की धुंधली रेखा जैसे विषयों को दर्शाती है। चुपके, पार्कौर और सटीक लड़ाई के जरिए अल्ताईर अपना सम्मान वापस पाता है। इसी दौरान डेसमंड अपनी भूमिका को समझने लगता है।