Assassin's Creed I conta a história de Desmond Miles, um homem moderno forçado a reviver as memórias de seu ancestral Altaïr Ibn-La'Ahad através de uma máquina chamada Animus. A trama se passa durante a Terceira Cruzada no século XII e acompanha Altaïr, um Assassino habilidoso, porém arrogante, em busca de redenção após falhar em uma missão. Ele recebe a tarefa de eliminar figuras importantes que ameaçam a paz na Terra Santa. A cada assassinato, descobre uma conspiração maior envolvendo os Assassinos e seus inimigos, os Templários. A história explora temas como livre arbítrio, controle e a linha tênue entre o bem e o mal. Com furtividade, parkour e combate preciso, Altaïr recupera sua honra. Enquanto isso, Desmond começa a entender seu papel em um conflito muito maior.