Assassin's Creed I narra la historia de Desmond Miles, un hombre moderno obligado a revivir los recuerdos de su antepasado Altaïr Ibn-La'Ahad mediante una máquina llamada Animus. La historia se sitúa durante la Tercera Cruzada en el siglo XII y sigue a Altaïr, un Asesino hábil pero arrogante que busca redimirse tras una misión fallida. Se le encarga eliminar a figuras clave que amenazan la paz en Tierra Santa. Con cada asesinato, descubre una conspiración mayor que involucra a los Asesinos y a sus enemigos, los Templarios. La trama explora temas como el libre albedrío, el control y la delgada línea entre el bien y el mal. A través del sigilo, el parkour y el combate preciso, Altaïr recupera su honor. Mientras tanto, Desmond comienza a comprender su papel en un conflicto mucho más amplio.