Command & Conquer 3: Kane's Wrathは、第二次タイベリウム戦争後を舞台に、約20年にわたる戦いの中でBrotherhood of Nodの謎多き指導者Kaneの台頭、没落、そして復活を描きます。物語は忠実なサイバネティック司令官LEGIONの視点から進み、Brotherhoodが壊滅的な敗北から再建を進める中で、LEGIONはKaneの極秘計画を実行していきます。一方、GDIはタイベリウムに荒廃した地球への支配を強める一方で、Kaneは世界情勢を操り、古代の異星人技術を発見し、人類を未知の未来へ導こうとします。本作のキャンペーンはTiberian SunとTiberium Warsをつなぐ物語となっており、極秘作戦や内部の裏切り、そしてKaneの長年にわたる計画の真の目的が明らかになります。映画のような演出と戦略的な展開により、本作はシリーズ屈指の謎めいた重要人物であるKaneをより深く描き出しています。