Command & Conquer 3: Kane's Wrath की कहानी दूसरे टिबेरियम युद्ध के बाद शुरू होती है और लगभग दो दशकों तक फैले संघर्ष में Brotherhood of Nod के रहस्यमयी नेता Kane के उत्थान, पतन और पुनरागमन को दर्शाती है। यह अभियान वफ़ादार साइबरनेटिक कमांडर LEGION की नज़र से प्रस्तुत किया गया है, जो Brotherhood के विनाशकारी हारों के बाद फिर से संगठित होने के दौरान Kane की गुप्त योजनाओं को पूरा करता है। इसी बीच GDI टिबेरियम से तबाह हो चुकी पृथ्वी पर अपना नियंत्रण मजबूत करता है, जबकि Kane वैश्विक घटनाओं को अपनी योजना के अनुसार मोड़ता है, प्राचीन एलियन तकनीक की खोज करता है और मानवता को एक अज्ञात भविष्य के लिए तैयार करता है। यह अभियान Tiberian Sun और Tiberium Wars के बीच की घटनाओं को जोड़ता है तथा गुप्त अभियानों, आंतरिक विश्वासघात और Kane की दीर्घकालिक योजना के वास्तविक उद्देश्य का खुलासा करता है। शानदार सिनेमाई मिशनों और रणनीतिक मोड़ों के साथ, यह विस्तार श्रृंखला के सबसे रहस्यमय और प्रभावशाली पात्रों में से एक पर गहराई से प्रकाश डालता है।