Ambientado após a Segunda Guerra do Tiberium, Command & Conquer 3: Kane's Wrath acompanha a ascensão, a queda e o retorno do enigmático líder da Brotherhood of Nod, Kane, ao longo de quase duas décadas de conflito. A história é contada sob a perspectiva do leal comandante cibernético LEGION, que executa os planos secretos de Kane enquanto a Brotherhood se reconstrói após derrotas devastadoras. Enquanto a GDI fortalece seu domínio sobre uma Terra devastada pelo Tiberium, Kane manipula os acontecimentos mundiais, descobre antigas tecnologias alienígenas e prepara a humanidade para um futuro desconhecido. A campanha conecta os eventos de Tiberian Sun e Tiberium Wars, revelando operações secretas, traições internas e o verdadeiro propósito da visão de longo prazo de Kane. Com missões cinematográficas e reviravoltas estratégicas, a expansão oferece uma visão mais profunda de um dos personagens mais misteriosos e marcantes da série.