Se déroulant après la Seconde Guerre du Tiberium, Command & Conquer 3: Kane's Wrath raconte l'ascension, la chute et le retour du mystérieux chef de la Confrérie du Nod, Kane, sur près de vingt années de conflit. L'histoire est vécue à travers le regard du commandant cybernétique loyal LEGION, qui exécute les plans secrets de Kane tandis que la Confrérie se reconstruit après de lourdes défaites. Alors que le GDI renforce son contrôle sur une Terre ravagée par le Tiberium, Kane manipule les événements mondiaux, découvre une ancienne technologie extraterrestre et prépare l'humanité à un avenir inconnu. La campagne relie les événements de Tiberian Sun et de Tiberium Wars, révélant des opérations secrètes, des trahisons internes et le véritable objectif de la vision à long terme de Kane. Grâce à ses missions cinématographiques et à ses nombreux rebondissements stratégiques, cette extension offre un regard plus approfondi sur l'un des personnages les plus mystérieux et marquants de la série.