41वीं सहस्राब्दी के अंधकारमय ब्रह्मांड में स्थापित, Warhammer 40,000: Sanctus Reach एक ऐसे तारा प्रणाली में अस्तित्व के लिए एक क्रूर युद्ध की कहानी बताता है, जो अरबों खून के प्यासे Orks से पूरी तरह घिर चुकी है। विशाल और लोहे जैसी त्वचा वाले Warboss Grukk Face-Rippa के नेतृत्व में, भयंकर "Red Waaagh!" एक के बाद एक दुनिया को तबाह कर देती है, जब तक कि मानवता का केवल एक आखिरी और हताश गढ़ नहीं बच जाता: जो कि Alaric Prime का सामंती Knight World है। इस प्रणाली को पूरी तरह से एलियंस के हाथों में जाने से रोकने के लिए, Imperium के सबसे खूंखार योद्धाओं की एक स्ट्राइक फ़ोर्स—जो कि Space Marines का एक नॉर्स-थीम वाला चैप्टर Space Wolves है—इस ग्रह की घायल सतह पर एक ऐतिहासिक अंतिम लड़ाई लड़ने के लिए उतरती है। दो रोमांचक कहानी अभियानों, Stormclaw और Hour of the Wolf के माध्यम से, खिलाड़ी Ragnar Blackmane और Logan Grimnar जैसे प्रतिष्ठित नायकों की कमान संभालते हैं, और कभी न खत्म होने वाली हरी लहर के खिलाफ हताश सामरिक अभियानों का संचालन करते हैं। यह कहानी एक क्लासिक, हाई-स्टेक्स Warhammer गाथा पेश करती है जहाँ हाई-टेक Imperial Knights, चेनस्वॉर्ड चलाने वाले Space Marines, और आत्मघाती एलियन झुंड एक पूरे सेक्टर के भाग्य का फैसला करने के लिए एक थका देने वाले, अथक संघर्ष में आपस में टकराते हैं।