تدور أحداث قصة Warhammer 40,000: Sanctus Reach في الكون المظلم والقاسي للألفية الحادية والأربعين، حيث تسرد حرب بقاء وحشية في نظام نجمي غمرته مليارات من الـ Orks المتعطشين للدماء. بقيادة الـ Warboss الضخم ذو البشرة الحديدية Grukk Face-Rippa، تقضي الـ "Red Waaagh!" الشرسة على عالم تلو الآخر حتى لم يتبق سوى معقل واحد يائس للبشرية: عالم Alaric Prime الإقطاعي. ورفضاً لترك النظام يسقط تماماً في أيدي الفضائيين، تتوجه قوة هجومية من أشرس محاربي الـ Imperium—وهي فرقة Space Wolves ذات الطابع الإسكندنافي والتابعة لـ Space Marines—إلى سطح الكوكب المدمر لخوض مواجهة نهائية أسطورية. من خلال حملتين قصصيتين مشوقتين، هما Stormclaw وHour of the Wolf، يقود اللاعبون أبطالاً بارزين مثل Ragnar Blackmane و Logan Grimnar، وينظمون عمليات تكتيكية يائسة ضد المد الأخضر الذي لا ينتهي. تقدم القصة حكاية كلاسيكية عالية المخاطر من عالم Warhammer حيث تتصادم آلات الـ Imperial Knights ذات التقنية العالية، ومقاتلو الـ Space Marines الذين يحملون السيوف المنشارية، وجماعات الفضائيين الانتحارية في صراع مرهق ولا يرحم لتحديد مصير قطاع بأكمله.