Call of Juarez: The Cartel की कहानी तीन ऐसे सहयोगियों का अनुसरण करती है जो एक घातक आतंकवादी विस्फोट के बाद साथ आते हैं, जिसने एक अमेरिकी कानून प्रवर्तन एजेंसी को तबाह कर दिया है। FBI एजेंट Kim Evans, LAPD जासूस Eddie Guerra, और DEA एजेंट Ben McCall, जो प्रसिद्ध McCall परिवार के वंशज हैं, हमले के जिम्मेदार लोगों का पता लगाने के मिशन पर भेजे जाते हैं। उनकी जांच उन्हें लॉस एंजिलिस की सड़कों से लेकर एरिज़ोना के रेगिस्तानों और मेक्सिको के भीतर तक ले जाती है, जहाँ वे शक्तिशाली ड्रग कार्टेल, भ्रष्ट अधिकारियों और संगठित अपराध से जुड़ी एक विशाल साजिश का पर्दाफाश करते हैं। जैसे-जैसे मिशन अधिक खतरनाक होता जाता है, हर एजेंट को अपने निजी रहस्यों और कठिन फैसलों का सामना करना पड़ता है, जो पूरी टीम को विभाजित कर सकते हैं। तेज़ गोलीबारी और नैतिक दुविधाओं के बीच यह कहानी वफादारी, विश्वासघात और न्याय की भारी कीमत को दर्शाती है।