मूल खेल की घटनाओं के कुछ समय बाद, Desperados 2: Cooper's Revenge महान बाउंटी हंटर John Cooper की कहानी को आगे बढ़ाता है, जो अपने गृह नगर पर हुए एक क्रूर हमले के बाद न्याय की तलाश में वाइल्ड वेस्ट लौटता है। शक्तिशाली दुश्मनों की साजिशों में फँसा और व्यक्तिगत दुख से जूझता हुआ Cooper धूलभरे सीमांत कस्बों, खतरनाक घाटियों और कानूनविहीन क्षेत्रों की यात्रा पर निकलता है। इस दौरान वह अपने भरोसेमंद साथियों Doc McCoy, Kate O'Hara और Sam Williams से फिर मिलता है, जिनकी अनोखी क्षमताएँ मिशन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाती हैं। जैसे-जैसे समूह भ्रष्टाचार, लालच और बदले से जुड़ी एक बड़ी साजिश का पर्दाफाश करता है, उन्हें निर्दयी अपराधियों और प्रभावशाली विरोधियों को मात देनी पड़ती है। यह कहानी सामरिक चोरी-छिपे कार्रवाई और रोमांचक गोलीबारी को मिलाकर निष्ठा, मुक्ति और प्रतिशोध की एक क्लासिक वेस्टर्न गाथा प्रस्तुत करती है।