Quake III Arena の物語は非常にシンプルで、主に高速アクションの舞台設定として描かれています。無数の次元をまたいで、謎に包まれた絶大な力を持つ Vadrigar は宇宙最強の戦士たちを集め、巨大な闘技場へ閉じ込めます。栄光や生き残るため、あるいは純粋な戦いへの欲望に突き動かされた戦士たちは、終わりのないデスマッチやトーナメントで激突します。勝利するたびにさらに強敵との戦いが待ち受け、敗北は破滅を意味します。闘技場は異星世界、古代神殿、工業施設、そして現実離れした景観に広がり、素早さ、正確さ、そして技術が試されます。伝統的な物語ではなく、このゲームは Vadrigar の危険な Arena において、最強の戦士だけが究極の王者となれる永遠の戦いを描いています。