Quake III Arena présente une histoire très simple qui sert principalement de toile de fond à son action rapide. À travers d'innombrables dimensions, la mystérieuse et toute-puissante Vadrigar rassemble les plus grands guerriers de l'univers et les enferme dans un immense complexe d'arènes. Guidés par la gloire, la survie ou le simple désir de combattre, ces champions s'affrontent dans des tournois et des affrontements sans fin. Chaque victoire les rapproche d'adversaires encore plus redoutables, tandis que chaque défaite signifie leur disparition. Les arènes s'étendent sur des mondes extraterrestres, des temples antiques, des installations industrielles et des paysages impossibles, tous conçus pour mettre à l'épreuve la vitesse, la précision et l'habileté. Plutôt qu'un récit traditionnel, le jeu met l'accent sur un combat éternel où seul le plus puissant peut obtenir le titre de champion suprême de l'Arène de Vadrigar.