Half-Life 2: Episode One は、City 17 の Citadel で起きた劇的な出来事の直後から物語が始まります。プレイヤーは再び Gordon Freeman となり、Alyx Vance と協力して崩壊しつつある都市からの脱出を目指しながら、執拗に襲いかかる Combine の軍勢に立ち向かいます。混乱が広がり、Citadel の不安定なコアが壊滅的な破壊を引き起こそうとする中、Gordon と Alyx は危険な街路や地下通路、激しい戦闘を切り抜けながら人々に警告し、生き延びるための道を探さなければなりません。本作は協力プレイの要素、緊張感、そして感情豊かなストーリー展開に重点を置いており、アクションと印象的なキャラクターに満ちた濃密な冒険を通して、多くの命の運命が懸かった切迫感を常に感じさせます。