Half-Life 2: Episode One की रोमांचक कहानी City 17 की Citadel में हुई नाटकीय घटनाओं के तुरंत बाद शुरू होती है। खिलाड़ी एक बार फिर Gordon Freeman की भूमिका निभाते हैं, जो Alyx Vance के साथ मिलकर ढहते हुए शहर से भागने की कोशिश करता है, जबकि Combine की सेनाएँ लगातार हमला कर रही होती हैं। जैसे-जैसे अराजकता फैलती है और Citadel का अस्थिर कोर विनाशकारी विस्फोट की धमकी देता है, Gordon और Alyx को खतरनाक सड़कों, भूमिगत रास्तों और भीषण लड़ाइयों से गुजरते हुए दूसरों को चेतावनी देनी होती है और जीवित रहने का रास्ता खोजना होता है। यह खेल टीमवर्क, रोमांच और भावनात्मक कहानी पर विशेष जोर देता है, और खिलाड़ियों को एक तीव्र यात्रा पर ले जाता है जो एक्शन, यादगार पात्रों और लगातार बने रहने वाले तनाव से भरपूर है, जहाँ अनगिनत लोगों का भविष्य दाँव पर लगा होता है।