Halo Wars: Definitive Editionは、Halo本編より数十年前を舞台に、UNSCの戦艦Spirit of Fireの乗組員が、惑星Harvestとその先で容赦ないCovenant軍と戦う物語です。Captain James Cutter、Professor Ellen Anders、そしてSergeant John Forgeに率いられた彼らは、戦局を大きく左右する可能性を秘めた古代Forerunnerの施設を発見します。一方で、Prophet of Regretに仕えるArbiter Ripa 'Morameeは、強大なForerunnerの遺物を求め、争いは世界を揺るがす危機を阻止するための競争へと発展していきます。圧倒的な戦いの中で、Spirit of Fireの兵士たち、Spartans、そして数々の軍用車両は、Covenantが古代技術を利用するのを阻止するため勇敢に戦います。彼らの勇気と犠牲は、人類の生存を懸けた戦いにおける忘れられた重要な一章となります。