Действие Halo Wars: Definitive Edition происходит за несколько десятилетий до событий основной серии Halo и рассказывает историю экипажа военного корабля UNSC Spirit of Fire, который сражается с беспощадными силами Covenant на далёкой планете Harvest и за её пределами. Под руководством Captain James Cutter, Professor Ellen Anders и Sergeant John Forge экипаж обнаруживает древний объект Forerunner, способный изменить ход войны. Тем временем Arbiter Ripa 'Moramee, выполняя волю Prophet of Regret, стремится завладеть могущественными артефактами Forerunner, превращая конфликт в гонку за предотвращение надвигающейся катастрофы. Несмотря на ожесточённые сражения, солдаты, Spartans и боевые машины Spirit of Fire мужественно противостоят Covenant, не позволяя им использовать древние технологии. Их отвага и самопожертвование становятся забытой, но чрезвычайно важной главой в борьбе человечества за выживание.