Se déroulant plusieurs décennies avant les événements principaux de Halo, Halo Wars: Definitive Edition raconte l'histoire de l'équipage du vaisseau de guerre de l'UNSC Spirit of Fire, engagé contre les impitoyables forces du Covenant sur la planète lointaine Harvest et au-delà. Dirigés par Captain James Cutter, Professor Ellen Anders et Sergeant John Forge, les membres de l'équipage découvrent une ancienne installation des Forerunner capable de changer le cours de la guerre. Pendant ce temps, Arbiter Ripa 'Moramee, au service du Prophet of Regret, cherche à s'emparer de puissants artefacts Forerunner, transformant le conflit en une course pour éviter une catastrophe imminente. Face à des batailles gigantesques, les soldats, les Spartans et les véhicules du Spirit of Fire combattent avec courage pour empêcher le Covenant d'exploiter cette technologie ancestrale. Leur bravoure et leurs sacrifices constituent un chapitre oublié mais essentiel de la lutte de l'humanité pour sa survie.