『Tom Clancy's Splinter Cell: Pandora Tomorrow』では、Third Echelonの伝説的オペレーティブであるSam Fisherが、2006年に壊滅的な生物兵器の脅威を阻止するため、再び影へと戻ります。Suhadi Sadonoという名の過激派インドネシア民兵リーダーがディリの米国大使館を暴力的に占拠した際、危機を収束させるためにFisherが投入されます。しかし、Sadonoが「Pandora Tomorrow」と呼ばれる保険を仕組んでいたことが明らかになり、事態は一気に深刻化します。それは、彼が捕らえられるか殺害された場合、アメリカ की 主要都市に致命的な天然痘を放出するよう仕掛けられたウイルス爆弾のネットワークでした。Fifth Freedomの絶対的な機密保持のもと、Sam は世界を股にかけた危険なステルス作戦を実行しなければなりません。パリの雨に濡れた列車、インドネシアのジャングルのキャンプ、そしてジャカルタのネオン輝く街並みをすり抜けていきます。これは時間との戦いであり、Fisherは組織的にSadonoのネットワークを解体し、ウイルスキャリアを無力化しなければなりません。世界の脅威に対する究極の武器は軍隊ではなく、夜に紛れる一人の見えない亡霊であることを証明するのです。