В игре Tom Clancy's Splinter Cell: Pandora Tomorrow легендарный оперативник Third Echelon по имени Sam Fisher возвращается в тень, чтобы предотвратить катастрофическую биологическую угрозу в 2006 году. Когда радикальный лидер индонезийских боевиков Suhadi Sadono организует жестокий захват американского посольства в Дили, Fisher отправляется на ликвидацию кризиса. Однако ставки резко возрастают, когда выясняется, что Sadono подготовил защитный план «Pandora Tomorrow»: сеть вирусных бомб, готовых выпустить смертоносную оспу в крупнейших американских городах, если он будет схвачен или убит. Действуя в условиях абсолютной секретности своей Fifth Freedom, Sam должен провести высокорискованную глобальную стелс-кампанию, пробираясь сквозь залитые дождем вагоны поездов в Париже, лагеря в джунглях Индонезии и неоновые улицы Джакарты. Это гонка со временем, в которой Fisher должен систематически уничтожить сеть Sadono и нейтрализовать переносчиков вируса, доказав, что ультимативным оружием против глобального террора является не армия, а один-единственный невидимый призрак в ночи.