Half-Life: Opposing Force की कहानी Adrian Shephard नामक एक युवा अमेरिकी मरीन की है, जिसे उस विनाशकारी घटना के दौरान Black Mesa अनुसंधान केंद्र में भेजा जाता है जिसने एक विदेशी दुनिया के लिए पोर्टल खोल दिए थे। मूल खेल के विपरीत, जहाँ मरीन का मिशन गवाहों को खत्म करना था, Shephard स्वयं इस अराजकता में फँस जाता है और शत्रुतापूर्ण एलियंस तथा सैन्य बलों के खिलाफ जीवित रहने के लिए संघर्ष करता है। जैसे-जैसे स्थिति और बिगड़ती है, वह एक नए बाहरी ग्रह के खतरे का पता लगाता है जो पूरी पृथ्वी को जोखिम में डाल देता है। नष्ट हो चुकी प्रयोगशालाओं, सैन्य ठिकानों और एलियन-ग्रस्त क्षेत्रों से गुजरते हुए, Shephard आपदा को नियंत्रित करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। यह खेल Black Mesa घटना को एक अनोखे दृष्टिकोण से प्रस्तुत करता है और Half-Life की दुनिया को नए दुश्मनों, हथियारों और चुनौतियों के साथ विस्तारित करता है।