Se déroulant en 1975, METAL GEAR SOLID V: GROUND ZEROES suit le légendaire soldat Snake (Big Boss) lors d’une mission secrète visant à infiltrer Camp Omega, une prison américaine hautement sécurisée située à Cuba. Sa mission consiste à sauver Paz Ortega Andrade et Ricardo "Chico" Valenciano Libre, dont la captivité risque de révéler les secrets de Militaires Sans Frontières. En progressant dans la base, Snake découvre des preuves troublantes de torture, de manipulation et de complots politiques, transformant cette opération en une mission bien plus dangereuse que prévu. Chaque étape dévoile de nouveaux secrets qui remettent en question sa perception de ses alliés comme de ses ennemis. L’opération se termine finalement par une trahison dévastatrice qui marque profondément Snake et prépare directement les événements de METAL GEAR SOLID V: THE PHANTOM PAIN, dans un récit mêlant infiltration, suspense et tragédie.