تدور أحداث METAL GEAR SOLID V: GROUND ZEROES في عام 1975، حيث يتولى الجندي الأسطوري Snake (Big Boss) مهمة سرية للتسلل إلى معسكر أوميغا، وهو سجن أمريكي شديد الحراسة يقع في كوبا. هدفه هو إنقاذ السجينين Paz Ortega Andrade وRicardo "Chico" Valenciano Libre، اللذين قد يؤدي احتجازهما إلى كشف أسرار منظمة Militaires Sans Frontières. ومع تقدمه داخل القاعدة، يكتشف أدلة صادمة على التعذيب والتلاعب والمؤامرات السياسية، لتتحول المهمة إلى مواجهة أخطر بكثير مما كان يتوقع. وكل خطوة تكشف أسرارًا تعيد تشكيل نظرته إلى الحلفاء والأعداء على حد سواء. وفي النهاية، تنتهي العملية بخيانة مدمرة تترك آثارًا عميقة على Snake وتمهد الطريق للأحداث الدرامية في METAL GEAR SOLID V: THE PHANTOM PAIN، مقدمةً قصة تجمع بين التسلل والتشويق والمأساة.