Warhammer 40,000: Boltgun происходит во мрачной и охваченной войнами вселенной Warhammer 40,000, где вы играете за тяжело бронированного Space Marine, отправленного на безжалостную миссию очищения. История начинается с вашего прибытия на Forge World, который пал под влиянием Chaos и был захвачен еретиками, демоническими существами и искажёнными машинами. Продвигаясь через разрушенные промышленные зоны, вы уничтожаете любые следы богохульства во имя Императора. Сюжет сосредоточен на постоянных сражениях, а не на диалогах. Каждая очищенная область раскрывает более глубокое заражение Warp. Вооружённый мощным оружием вроде Boltgun, вы без пощады уничтожаете врагов. Игра подчёркивает образ Space Marine как неудержимого оружия Imperium. В итоге это история жестокого очищения без места для милосердия.