Warhammer 40,000: Boltgun se passa no sombrio e brutal universo de Warhammer 40,000, onde você assume o papel de um Space Marine fortemente armado em uma missão de purificação implacável. A história acompanha sua chegada a um Forge World que caiu na corrupção do Chaos e foi tomado por hereges, criaturas demoníacas e máquinas corrompidas. Ao avançar por ambientes industriais destruídos, você deve eliminar toda forma de blasfêmia em nome do Imperador. A narrativa foca mais na ação constante do que em diálogos. Cada área purgada revela níveis mais profundos da corrupção do Warp. Armado com armas devastadoras como o Boltgun, você elimina inimigos sem piedade. O jogo reforça o Space Marine como uma arma incontrolável do Imperium. No fim, é uma história de purificação brutal onde não há espaço para misericórdia.