تدور قصة Warhammer 40,000: Boltgun في عالم Warhammer 40,000 المظلم والممزق بالحروب، حيث تلعب دور جندي من الـSpace Marine مدرع بقوة في مهمة لا هوادة فيها للتطهير. تتبع القصة إرسالك إلى عالم Forge World سقط تحت تأثير فساد الـChaos وأصبح مليئًا بالهرطقة والكائنات الشيطانية والآلات المشوهة. أثناء تقدمك عبر البيئات الصناعية المدمرة، تُكلف بتطهير كل أثر للكفر باسم الإمبراطور. يركز السرد على القتال المستمر بدلًا من الحوار، مما يعكس طبيعة المعارك العنيفة والمستمرة. كل منطقة تقوم بتطهيرها تكشف مستويات أعمق من فساد الـWarp الذي ينهش الكوكب. باستخدام أسلحة مدمرة مثل الـBoltgun، تشق طريقك عبر الأعداء بلا رحمة. وتؤكد القصة على كون الـSpace Marine سلاحًا لا يتوقف في خدمة الإمبراطورية. وفي النهاية، هي حكاية تطهير وحشي لا مكان فيه للرحمة.