Warhammer 40,000: Boltgun की कहानी Warhammer 40,000 के अंधेरे और युद्धग्रस्त ब्रह्मांड में घटित होती है, जहाँ आप एक भारी कवचधारी Space Marine की भूमिका निभाते हैं, जिसे निरंतर शुद्धिकरण के मिशन पर भेजा जाता है। कहानी आपको एक Forge World पर ले जाती है जो Chaos के भ्रष्टाचार में गिर चुका है और विधर्मियों, दानवी प्राणियों और विकृत मशीनों से भर गया है। आप तबाह औद्योगिक क्षेत्रों से आगे बढ़ते हुए हर प्रकार की अपवित्रता को समाप्त करते हैं। यहाँ कथा संवाद से अधिक लगातार लड़ाई पर केंद्रित है। हर क्षेत्र को साफ करने पर Warp के गहरे भ्रष्टाचार का पता चलता है। शक्तिशाली हथियारों जैसे Boltgun से आप बिना दया के दुश्मनों को नष्ट करते हैं। यह कहानी Space Marine को Imperium के एक अजेय हथियार के रूप में दर्शाती है। अंततः यह एक निर्मम शुद्धिकरण की कहानी है जिसमें दया के लिए कोई स्थान नहीं है।