Действие Warhammer 40,000: Armageddon разворачивается во время одной из самых жестоких войн во вселенной Warhammer 40,000. Игра рассказывает о отчаянной обороне мира-улья Armageddon от масштабного вторжения, возглавляемого грозным вождём орков Ghazghkull Mag Uruk Thraka. Игрокам предстоит командовать силами Imperium of Man, включая легендарный Steel Legion и Space Marines, сражаясь среди разрушенных городов, выжженных пустошей и огромных промышленных крепостей. Столкнувшись с подавляющим численным превосходством врага, человечество должно полагаться на стратегию, отвагу и несгибаемую решимость. Кампания следует ключевым событиям Второй войны за Armageddon, где каждая победа достигается высокой ценой. Среди бесконечной войны и разрушений герои поднимаются на защиту одного из важнейших миров Imperium, чтобы предотвратить его полное уничтожение.