تدور أحداث Warhammer 40,000: Armageddon خلال واحدة من أكثر الحروب وحشية في عالم Warhammer 40,000، حيث تروي قصة الدفاع اليائس عن عالم الخلايا العملاقة Armageddon ضد غزو هائل يقوده زعيم الأورك المخيف Ghazghkull Mag Uruk Thraka. يقود اللاعب قوات إمبراطورية البشر، بما في ذلك Steel Legion الأسطورية ومقاتلي Space Marines، عبر مدن مدمرة وأراضٍ قاحلة ومنشآت صناعية ضخمة. في مواجهة أعداد ساحقة من الأعداء، يجب على البشرية الاعتماد على الاستراتيجية والشجاعة والإصرار الذي لا يلين للصمود. تتبع الحملة أبرز معارك الحرب الثانية على Armageddon، حيث يأتي كل انتصار بثمن باهظ. وبين أجواء الحرب والدمار المستمرين، يبرز الأبطال للدفاع عن أحد أهم عوالم الإمبراطورية ومنع سقوطه الكامل.