Ambientado durante uma das guerras mais brutais do universo Warhammer 40,000, Warhammer 40,000: Armageddon conta a história da defesa desesperada do mundo-colmeia Armageddon contra uma invasão massiva liderada pelo temível senhor Ork Ghazghkull Mag Uruk Thraka. Os jogadores comandam as forças do Imperium of Man, incluindo a lendária Steel Legion e os Space Marines, lutando através de cidades devastadas, terras áridas e vastos complexos industriais. Diante de inimigos em número esmagador, a humanidade deve confiar em estratégia, coragem e determinação inabalável para resistir. A campanha acompanha as principais batalhas da Segunda Guerra por Armageddon, onde cada vitória tem um custo elevado. Em meio a uma guerra interminável e à destruição constante, heróis surgem para proteger um dos mundos mais importantes do Imperium da aniquilação total.