Warhammer 40,000: Armageddon की कहानी Warhammer 40,000 ब्रह्मांड के सबसे भीषण युद्धों में से एक के दौरान घटित होती है। यह Armageddon नामक हाइव वर्ल्ड की निराशाजनक रक्षा की कथा है, जिस पर भयावह Ork सरदार Ghazghkull Mag Uruk Thraka के नेतृत्व में विशाल आक्रमण किया जाता है। खिलाड़ी Imperium of Man की सेनाओं का नेतृत्व करते हैं, जिनमें प्रसिद्ध Steel Legion और Space Marines शामिल हैं, और वे नष्ट हो चुके शहरों, बंजर मैदानों तथा औद्योगिक दुर्गों में लड़ाई लड़ते हैं। भारी संख्या में दुश्मनों का सामना करते हुए मानवता को रणनीति, साहस और अटूट संकल्प पर निर्भर रहना पड़ता है। अभियान Armageddon के दूसरे युद्ध की महत्वपूर्ण लड़ाइयों का अनुसरण करता है, जहाँ हर जीत बड़ी कीमत मांगती है। अंतहीन युद्ध और विनाश के बीच, नायक उभरकर Imperium की सबसे महत्वपूर्ण दुनियाओं में से एक को पूर्ण विनाश से बचाने के लिए संघर्ष करते हैं।