Ambientado durante una de las guerras más brutales del universo Warhammer 40,000, Warhammer 40,000: Armageddon narra la desesperada defensa del mundo colmena Armageddon frente a una invasión masiva liderada por el temible caudillo Ork Ghazghkull Mag Uruk Thraka. Los jugadores toman el mando de las fuerzas del Imperium of Man, incluyendo la legendaria Steel Legion y los Space Marines, mientras combaten a través de ciudades devastadas, páramos desolados y enormes complejos industriales. Ante enemigos que los superan ampliamente en número, la humanidad debe confiar en la estrategia, el valor y una determinación inquebrantable para resistir. La campaña sigue las batallas más importantes de la Segunda Guerra por Armageddon, donde cada victoria tiene un alto costo. En medio de una guerra interminable y una destrucción constante, surgen héroes para proteger uno de los mundos más vitales del Imperium de la aniquilación total.