Half-Life: Blue Shift conta a história de Barney Calhoun, um guarda de segurança que trabalha no complexo de pesquisas Black Mesa durante a catastrófica cascata de ressonância que liberou criaturas alienígenas e mergulhou toda a instalação no caos. Diferentemente da jornada do cientista Gordon Freeman, a aventura de Barney é focada na sobrevivência, na cooperação e em ajudar outros funcionários a escapar do desastre. Quando as forças militares chegam para encobrir o incidente, Barney precisa atravessar laboratórios perigosos, corredores infestados por alienígenas e enfrentar soldados hostis em busca de uma rota de fuga. Ao longo de sua jornada, ele auxilia cientistas e membros da segurança enquanto descobre gradualmente a verdadeira dimensão da tragédia. O jogo oferece uma perspectiva única dos acontecimentos do Half-Life original, apresentando uma história paralela envolvente repleta de ação, suspense e determinação enquanto Barney luta para sobreviver e escapar de Black Mesa.