Half-Life: Blue Shift की कहानी Barney Calhoun के इर्द-गिर्द घूमती है, जो Black Mesa अनुसंधान केंद्र में कार्यरत एक सुरक्षा गार्ड है। एक विनाशकारी रेज़ोनेंस कैस्केड दुर्घटना के बाद, खतरनाक एलियन प्राणी पूरे परिसर में फैल जाते हैं और हर ओर अराजकता छा जाती है। वैज्ञानिक Gordon Freeman की यात्रा के विपरीत, Barney का अभियान जीवित रहने, सहयोग करने और अन्य कर्मचारियों को सुरक्षित बाहर निकालने पर केंद्रित है। जब घटना को छिपाने के लिए सैन्य बल पहुँचते हैं, तो Barney को खतरनाक प्रयोगशालाओं, शत्रुतापूर्ण सैनिकों और एलियनों से भरे गलियारों से होकर गुजरना पड़ता है। अपनी यात्रा के दौरान वह वैज्ञानिकों और सुरक्षा कर्मियों की सहायता करता है तथा धीरे-धीरे आपदा की वास्तविक भयावहता को समझता है। यह खेल मूल Half-Life की घटनाओं को एक अनोखे दृष्टिकोण से प्रस्तुत करता है और समानांतर कहानी के माध्यम से रोमांच, तनाव और दृढ़ संकल्प से भरपूर अनुभव प्रदान करता है, जहाँ Barney Black Mesa से जीवित बच निकलने के लिए संघर्ष करता है।