Half-Life: Blue Shift cuenta la historia de Barney Calhoun, un guardia de seguridad que trabaja en las instalaciones de investigación Black Mesa durante la catastrófica cascada de resonancia que liberó criaturas alienígenas y sumió el complejo en el caos. A diferencia de la aventura del científico Gordon Freeman, el viaje de Barney se centra en la supervivencia, la cooperación y la ayuda a otros empleados para escapar del desastre. Cuando las fuerzas militares llegan para encubrir el incidente, Barney debe atravesar laboratorios peligrosos, pasillos infestados de alienígenas y enfrentarse a soldados hostiles mientras busca una salida. Durante su recorrido, ayuda a científicos y miembros del personal de seguridad, descubriendo poco a poco la verdadera magnitud de la tragedia. El juego ofrece una perspectiva única de los acontecimientos del Half-Life original, presentando una emocionante historia paralela llena de acción, suspense y determinación mientras Barney lucha por sobrevivir y escapar de Black Mesa.