Half-Life: Blue Shift raconte l’histoire de Barney Calhoun, un agent de sécurité travaillant au centre de recherche Black Mesa lors de la catastrophe de la résonance en cascade qui a libéré des créatures extraterrestres et semé le chaos dans tout le complexe. Contrairement au parcours du scientifique Gordon Freeman, l’aventure de Barney met l’accent sur la survie, la coopération et l’aide apportée aux autres membres du personnel pour s’échapper du désastre. Lorsque les forces militaires arrivent pour dissimuler l’incident, Barney doit traverser des laboratoires dangereux, des couloirs infestés d’aliens et affronter des soldats hostiles afin de trouver une issue. Au fil de son périple, il aide des scientifiques et des agents de sécurité tout en découvrant progressivement l’ampleur de la catastrophe. Le jeu offre une perspective unique sur les événements du Half-Life original, à travers une histoire parallèle captivante remplie d’action, de suspense et de détermination alors que Barney lutte pour survivre et quitter Black Mesa.